Haaland tuvo que ser sustituido en el minuto 72 e inicialmente no era claro en que momento se había producido la lesión.
"Haaland chocó con el árbitro y se torció la rodilla. Por eso tuvo que salir", dijo después el ex-jugador noruego Jan Aage Fjortoff en su cuenta de twitter tras revisar imágenes de televisión.
El entrenador del Dortmund, Lucien Favre, dijo que no creía que la lesión fuera de gravedad.
"No creo que vaya a causar baja. Tiene algo en la rodilla pero todavía no sabemos que es", dijo Favre.
Haaland no tuvo una buena tarde ante el Bayern en un partido que el Dortmund perdió en casa por 0-1 y que acerca al club bávaro al título.