Paulo Autuori volverá a dirigir en el Perú, otra vez en La Florida con la misión de rescatar a Sporting Cristal, y regresa al fútbol peruano luego de un largo recorrido y más de un título en su historial. Conoce a continuación cómo le fue al entrenador brasileño como técnico de clubes y selecciones tras abandonar Videna.
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Dejó una buena impresión como estratega de Alianza Lima, cruzó la vereda y salió campeón nacional con Cristal en 2002. Entonces fue natural la llegada de Autuori al banquillo de la Bicolor, cuando Manuel Burga era presidente de la FPF y la súplica era volver a un Mundial, motivados por Alemania 2006. Pero su estadía fue corta.
La renuncia de Paulo Autuori a la selección peruana se dio en abril de 2005, luego de 31 partidos disputados (9 victorias, 10 empates y 12 derrotas), en medio de un clima tenso por unas Eliminatorias desfavorables y una polémica citación al brasileño por parte del Congreso. Posteriormente ganó siete títulos nada despreciables.
Poco después de su salida de la Blanquirroja, Autori asumió como timonel de Sao Paulo y conquistó lo que todo club sudamericano sueña: la Copa Libertadores y el Mundial de Clubes en 2005.

Autuori luego dirigió en Japón —Kashima Antlers (2006) y Cerezo Osaka (2015)—, tuvo otras experiencias en Brasil (Cruzeiro, Gremio, Vasco, Mineiro, Paranaense, Botafogo), también fue técnico en Bulgaria (Ludogorets Razgrad), tuvo dos ciclos en Atlético Nacional de Colombia y comandó a la selección de Qatar, donde se ganó respecto como DT de Al-Rayyan.
Su palmarés post selección además incluye: dos Copa del Emir de Qatar con Al-Rayyan (2010 y 2011), un Campeonato Paranaense con Atlético Paranaense en 2016, una Supercopa de Bulgaria con el Ludogorets Razgrad (2018) y la Superliga de Colombia con Atlético Nacional (2023).
En los últimos años, Paulo Autuori también asumió funciones fuera del banquillo, como director deportivo en Goias, Internacional, Coritiba, Cruzeiro y Paranaense.