El lunar de su victoria fueron las amonestaciones que recibieron Robert Lewandowski y Thomas Müller, que se perderán el próximo partido contra el Borussia Möchengladbach por acumulación de amarillas.
Thiago Alcántara reapareció tras perderse tres partidos por problemas de abductores. Entró al campo en el minuto 74 cuando el partido ya estaba sentenciado.
El Bayern se vio remando contra la corriente cuando el Leverkusen abrió el marcador en el minuto 10 por medio del argentino Lucas Alario.
La jugada se originó en un saque de banda para el Leverkusen que Jerome Boateng interceptó a medias. El balón fue a Julian Baumgartlinger, que lo envió al área a Alario y éste marcó con un remate al primer poste.
El gol fue validado por el VAR después de que el asistente señalara un presunto fuera de juego.
El Bayern tenía clara ventaja en cuanto a posesión de pelota, pero tenía dificultades para crear peligro. El Leverkusen presionaba alto, dificultando la salida de los bávaros, y luego se replegaba para cerrar espacios cerca del área.
El empate llegó en una jugada que se inició con una pérdida de balón del Leverkusen en el círculo central. Leon Goretzka le robó la pelota a Mousa Diaby y metió un pase de profundidad que dejó a Kingsley Coman solo en camino hacia la portería de Lucas Hardecky.
El francés definió con un remate con la pierna derecha ante una salida del portero que se quedó a medio camino.
El segundo llegó en el minuto 42, con un remate de zurda de Goretzka desde la media luna con el que terminó un avance del Bayern que se inició en un saque de esquina a favor del Leverkusen.
El tercero lo marcó Serge Gnabry en el minuto 45 con una vaselina ante la salida de Hradecky y tras un pase largo -de cerca de 60 metros- de Joshua Kimmich.
El partido había quedado prácticamente sentenciado antes de terminar la primera parte, en tres minutos.
En la segunda parte, el Bayern tuvo dos buenas ocasiones para aumentar su ventaja en los pies de Müller y Gnabry, antes de que llegase la sentencia definitiva en el minuto 65.
Lewandowski marcó de cabeza, para aumentar a 30 goles su cuenta personal en la Bundesliga, tras un centro desde la derecha de Müller.
En el minuto 89, demasiado tarde, el Leverkusen logró acortar distancia con un bonito gol de Florian Wirtz, un joven de 17 años que es una de las grandes promesas del fútbol alemán.
El Leipzig, uno de los firmes candidatos a clasificarse a la Liga de Campeones, empató 1-1 en casa ante el colista Paderborn y su desventaja con el Bayern es ahora de once puntos.
El Maguncia logró una victoria importante en la lucha por evitar el descenso al derrotar a domicilio al Eintracht Fráncfort por 0-2 y el Fortuna Düsseldorf y el Hoffenheim empataron 2-2.