El FIFAGate ha provocado un vuelco radical en las políticas de la FIFA. La organización, que antes no consentía la intervención de los Gobiernos en los asuntos del fútbol (Blatter vino a Madrid y amenazó con excluir a España del Mundial para proteger a Villar de una ley gubernamental para limitar los mandatos de los presidentes federativos), se muestra ahora colaboracionista con las autoridades judiciales. Lo que antes no consentía que pudiera resolverse más allá del fútbol ahora sí tiene solución en los gobiernos con los que muchas veces mantienen litigios las diferentes federaciones. Bolivia ha sido el primer país en comprobar el cambio.
La Federación de Bolivia (FBF) pidió el amparo de la FIFA ante las investigaciones por corrupción que le ha abierto la Justicia de su país, algo bastante frecuente cuando las federaciones se ven contra la espada y la pared por algún asunto extrafutbolístico. Alegaron “injerencia política en los asuntos del fútbol” y calificaron a la Fiscalía General de Bolivia como “órgano represor”. La respuesta de las autoridades bolivianas ha sido encarcelar en el penal de Palmasola por corrupción, soborno y blanqueo a Carlos Chávez, (presidente de la FBF), Jorge Justiniano (primer vicepresidente) y Pedro Zambrano (secretario general).
La respuesta de la FIFA, también por carta, ha sido ordenar una auditoría para ver si ha habido irregularidades en la gestión de la FBF y ponerse “a disposición de las autoridades judiciales para esclarecer los hechos”. La auditoría será realizada por la CONMEBOL, cuyo director general es Gorka Villar, el hijo de Ángel María Villar, y que colabora en la defensa de dos de los exvicepresidentes de la FIFA encarcelados en Suiza: José María Marín (Brasil) y Eugenio Figueredo (Uruguay).