A Downes se le acusa de haber realizado ocho apuestas en partidos de fútbol entre noviembre de 2013 y julio de 2019.
El entrenador, que condujo a la salvación al Wimbledon la campaña pasada, tiene hasta el próximo 4 de octubre para responder a los cargos de los que se le acusan.
"Debido a la seriedad de este incidente, el club ha decidido suspender a Wally con efecto inmediato, dando tiempo al club a investigar las alegaciones con más detalle y a hacer un anuncio en el futuro", explicó el Wimbledon en un comunicado.
Glyn Hodges tomará el mando del equipo el próximo fin de semana cuando el Wimbledon visite el campo del Peterborough United. El cuerpo técnico de Downes sí seguirá en el equipo.
El Wimbledon marcha en estos momentos en la penúltima posición de la tabla, solo por delante del Bolton Wanderers, que arrastra una sanción de doce puntos.
El club de las afueras de Londres no ha conseguido ni una sola victoria en las diez jornadas disputadas hasta la fecha.