Llegó a Perú en el año 2020, por pedido de Gregorio Pérez, entonces entrenador de Universitario de Deportes. Pese a la salida del DT uruguayo, él, también charrúa, se quedó. De esa forma, Federico Alonso sumó 72 partidos, entre Liga1 y torneo internacionales, en tres temporadas con la camiseta crema. En ese tiempo, marcó seis goles. Sin embargo, todo ciclo tiene su fin, y el suyo no fue la excepción.
El defensor central culminó su vínculo con la institución crema y no hubo intención de alargarlo. De todas formas, su futuro seguirá en el fútbol peruano, pues Cusco FC lo oficializó como refuerzo para la temporada 2023.
"Federico Alonso, en la posición de defensa central, defenderá con garra los colores de nuestro Cusco imperial. Vamos, guerrero, que esta historia la escribiremos todos juntos. Porque unidos #SomosCusco", fue el texto que acompañó el post de bienvenida.
De esta manera, el zaguero de 31 años suma su segundo equipo peruano y el octavo a nivel profesional. Antes de su llegada a la 'U', defendió los colores de Villa Teresa (Uruguay), Aucas, Fuerza Amarilla (Ecuador), Murciélagos (México), Atlético Venezuela (Venezuela) y Cerro (Uruguay).