La Conmebol cuenta con dos reconocidos torneos de clubes en Sudamérica: la Copa Libertadores y la Copa Sudamericana. El representante peruano que logró un título en uno de estos campeonatos no fue de los equipos más populares: Alianza Lima, Universitario de Deportes o Sporting Cristal.
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En la historia de la Copa Sudamericana solo hay un club peruano que alzó el trofeo del campeonato, Cienciano del Cusco. En el 2003, el cuadro comandado por el director técnico, Freddy Ternero, realizó una hazaña nunca antes vista en el Perú. El elenco 'Inca' superó todas las fases del torneo hasta llegar a la gran final contra el poderoso River Plate de Argentina.
La final de la Sudamericana 2003 fue en un formato de ida y vuelta. El primer encuentro se desarrolló en Buenos Aires, el Monumental de River acogió el sorprendente duelo que terminó en 3-3 entre argentinos y peruanos.
El enfrentamiento de regreso se jugó en el Monumental de la UNSA en Arequipa, los cusqueños se llevaron la victoria por la mínima diferencia y plasmaron su nombre en la historia del fútbol peruano y sudamericano.
Esta proeza realizada por Cienciano en la Copa Sudamericana no ha podido ser imitada por ninguno de los clubes tradicionales del Perú: Alianza Lima, Universitario y Sporting Cristal. Estos equipos solo pudieron alcanzar los cuartos de final del torneo.
Por otro lado, el cuadro peruano Melgar de Arequipa también superó a los 'blanquiazules', 'merengues' y 'celestes', en mencionado torneo al llegar a semifinales.
Mejores representantes peruanos en Copa Libertadores
En la Copa Libertadores los clubes peruanos que más sobresalieron fueron Universitario de Deportes y Sporting Cristal. Ambos equipos lograron llegar a la final de la competición aunque no pudieron llevarse el trofeo.
La 'U' se enfrentó a Independiente de Avellaneda en la final de 1972. El primer partido en Perú culminó 0-0. En el encuentro de vuelta los argentinos derrotaron a los 'cremas' por 2-1.
Los 'rimenses' se midieron contra Cruzeiro de Brasil en la final de 1997. En la ida empataron 0-0 y en la vuelta se impusieron los brasileños por la mínima diferencia.