Tras lograr el bicampeonato y avanzar en la Copa Libertadores con un equipo que terminó el semestre sin convencer en su totalidad, Boca busca reforzarse. Con el objetivo de seguir avanzando y ante la inminente salida de Frank Fabra, el club de la ribera avanzó en las negociaciones por Jonathan Silva.
Finalizado el préstamo y ante una Roma que optó por sortear la opción de compra, Boca le propuso al Sporting de Lisboa adquirir el 80% del pase. Todavía resta acordar el contrato con el propio jugador.
Silva formó parte del plantel boquense entre 2016 y 2017, donde fue dirigido por Guillermo Barros Schelotto. Con un buen desempeño fue cedido a Portugal y ahora, buscando reemplazar la potencia y proyección de Fabra, el DT lo pide de vuelta.