Atlante llegó a Cancún, Quintana Roo en el 2007 e inició el cuento de hadas perfecto el 11 de agosto en la jornada dos del torneo de Apertura venciendo 1-0 a Pumas con gol del camerunes Alain N'kong. El 9 de diciembre se convirtieron en el primer equipo del futbol mexicano en ganar un campeonato en el primer torneo inmediato después de cambiarse de sede al vencer en la Final 2-1 a los mismos Pumas.
Los Potros se encumbraron en el 2009 al ganar la Liga de Campeones de Concacaf derrotando a Cruz Azul con marcador global de 2-0, obteniendo el derecho de jugar el Mundial de Clubes.
Durante ese año, el Atlante se midió ante el Barcelona, cayendo 3-1, pese a ir arriba en el marcador con un tanto de Guillermo Rojas. Los dirigidos en ese entonces por José Guadalupe Cruz terminaron en la cuarta posición; mientras que los blaugranas fueron los campeones del torneo.
Más tarde, llegaron momentos difíciles hasta culminar con el lamentable descenso en el 2014. Iniciando de inmediato la batalla por lograr el regreso al máximo circuito del futbol mexicano.
Hoy se cumplen diez años y los Potros del Atlante han armado un cuadro competitivo con el objetivo de ser campeones y lograr el tan anhelado ascenso, colocando su futuro en la cancha en manos de Raúl 'Potro' Gutiérrez, ex jugador azulgrana y campeón del mundo como técnico del Tri Sub 17.
"Tenemos equipo para volver a Primera División, esa es la meta, no podemos pensar en menos que eso, desde ahora se requiere pensar en grande como es la historia de nuestros Potros y para eso estamos trabajando, regresando a sus orígenes, hacer que nuestra afición regrese al estadio y con su apoyo ser campeones primero en liga de Ascenso y luego en Primera División", advirtió Luis Cámara Patrón, presidente de los azulgranas.