El 5 de junio del 2013 Cruz Azul hizo oficial la llegada de Joao Rojas, jugador proveniente de Monarcas Morelia, quien ocuparía la plaza de extranjero que dejó Teófilo Gutiérrez; además, fue una opción similar a la de Javier Aquino por las bandas, quien se fue del club a inicios del Clausura 2013.
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Sin embargo, tras su primer año, el ecuatoriano se distinguió por ser un elemento irregular, sus buenas actuaciones fueron contadas en el equipo y su baja de juego lo han dejado fuera de Cruz Azul; incluso, desde hace tiempo, lo han marginado de su selección.
SU MEJOR AÑO
En un principio, la apuesta del ecuatoriano en el equipo fue satisfactoria, siendo uno de los jugadores más rentables del Cruz Azul en el Apertura 2013, certamen en el que marcó seis tantos.
Para el Clausura 2014, el jugador rindió lo esperado, formando un buen ataque de La Máquina junto a Mauro Formica, Christian Giménez, Mariano Pavone y Marco Fabián, fundamental para la obtención del liderato del certamen y del título de la Concachampions 2013-2014.
UN JUGADOR A CUENTA GOTAS
Tras su participación con Ecuador en el Mundial de Brasil 2014, se esperaba que Rojas se afianzara en el club, pero sus buenas actuaciones fueron contadas.
En los siguientes tres campeonatos, Joao sólo hizo cuatro tantos. Entre lesiones y bajas de juego, el volante comenzó a perder peso dentro de la cancha.
A pesar de que en 2016 Rojas volvió a elevar su rendimiento en el equipo de forma considerable, a tal grado de ser considerado el mejor del equipo, su condición fue muy esporádica. Rojas marcó ocho tantos en los últimos tres torneos.